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Christoph Uehlinger hat Theologie, Ägyptologie und Altorientalistik studiert, er wurde 1989 promoviert und hat 1993 habilitiert. Er war ab 1991 Oberassistent am Biblischen Institut/Departement für Biblische Studien der Universität Freiburg und wurde am 1.10.2003 zum ordentlichen Professor für «Allgemeine Religionsgeschichte und Religionswissenschaft» an der Theologischen Fakultät der UZH ernannt. Uehlinger war zweimal Vorsteher des Religionswissenschaftlichen Seminars, zum ersten Mal unmittelbar nach dessen Gründung 2006. Von 2008 bis 2010 war er zudem Co-Leiter des Universitären Forschungsschwerpunkts «Asien und Europa» und Prodekan Lehre, 2010 bis 2012 Dekan der Theologischen Fakultät (seit dem 1.1.2024 Theologische und Religionswissenschaftliche Fakultät).
Schon bei seiner Berufung an die UZH im Jahr 2003 wurde vom Universitätsrat Christoph Uehlingers «ausserordentliches Engagement» in der Wissenschaft hervorgehoben und auf die zahlreichen Auszeichnungen und Ehrungen hingewiesen, die ihm bereits zu Teil geworden waren. In ihrer Laudatio zu seiner Abschiedsvorlesung machte Dorothea Lüddeckens, die Dekanin der TRF, u.a. auf die neuen Perspektiven aufmerksam, die Uehlinger in seine Fachbereiche eingebracht hatte: «Quellen» waren
«nun nicht mehr vor allem Texte, sondern Bilder und Gegenstände. Mit Christoph Uehlinger kam prominent das Visuelle und Materielle in den Blick. […] Er forderte den Blick auf religiöse Diversität und Differenz mit der Perspektive des Vergleiches, mit seiner Lehre und auch in seinem Engagement im Universitären Forschungsschwerpunkt Asien und Europa. Er kümmerte sich mit viel Elan um die Praxis vor Ort, auch hier nicht nur, aber auch mit seinem Einsatz für die Ausbildung von Lehrkräften und war zugleich immer auch der intellektuelle Denker in seinen Forschungsprojekten, mit denen er die ‹Visible Religion› weit über Zürich hinaus in die Religionswissenschaft einbrachte.»
2020 wurde die Denomination des Lehrstuhls von Christoph Uehlinger in «Historische und vergleichende Religionswissenschaft» umbenannt.
Am 21.12.2023 hielt Christoph Uehlinger in der Aula der Universität Zürich seine Abschiedsvorlesung zum Thema «Verflechtungen kleinster mit grösseren Welten: Horizonterweiterungen als Quintessenz historischer und vergleichender Religionswissenschaft» (Aufzeichnung). Ende Januar 2024 fand mit der Konferenz «The Past in the Future: History of Religion\s» am Religionswissenschaftlichen Seminar der UZH eine Abschiedstagung für Uehlinger statt. Seit dem 1.2.2024 ist Christoph Uehlinger emeritiert.
Zu Uehlingers Nachfolgerin hat der Universitätsrat am 29.1.2024 Dr. Doris Decker ernannt. Sie ist seit 2023 Koordinatorin für Wissenschaft und Forschung an der Akademie für Islam in Wissenschaft und Gesellschaft der Goethe-Universität Frankfurt und tritt ihre Stelle als Assistenzprofessorin mit Tenure Track an der UZH am 1.8.2024 an.
